关于“律”与“条例”的关系，朱元璋曾经指出，“律”作为正式法典，具有普遍的、永久的效力；而“条例”则是权宜之法，只在一定时期、一定地域有效。根据这一原则，明朝前期一百多年里，每年皇帝发布的条例只是该朝临时性的单行法规。而等到新君即位之后，就要下诏废除前朝条例，规定司法审判只能援引《大明律》。
《大明律》编成以后，朱元璋在《祖训》中做过规定，后世子孙对《大明律》只需遵守、不可更改。然而随着时代的变化、社会的发展，在实行的过程中，难免会出现法律与现实严重脱节的情况，僵化的《大明律》已经远远不能满足统治的需要。为了满足社会的需要，矫正《大明律》不可更改的弊端，在明朝中期以后，“条例”成为一种被广泛运用的法律形式。也是在这个时候，《问刑条例》才逐步被系统化和正规化，被广泛地运用于司法实践之中，以补《大明律》的不足之处。针对这些问题，朝廷要求认真整理、修删条例的呼声越来越强烈。
弘治五年(1492年)，《问刑条例》因前朝条例纷繁复杂，法司问刑存在着轻重失宜等诸多的问题。当时的刑部尚书彭韶等应鸿胪寺少卿李请，删订了《问刑条例》。明武宗正德年间，又新增《问刑条例》44条。后来，随着条例地位作用的日渐重要，条例的数量也随之越来越多，又出现了前后混杂矛盾之弊，这就更加需要对条例进行整理和修订。